Essas bibliotecas devem estar localizadas em /usr/share/java/ , então você pode usar esse caminho para adicioná-las ao seu caminho de classe. Por exemplo, se você instalou o libcommons-io-java na versão 2.4.5 usando o apt-get, você deve poder usar esta biblioteca adicionando /usr/share/java/commons-io.jar ou /usr/share/java/commons-io-2.4.jar ao seu classpath (até onde eu sei a versão deve ser sempre a mais nova instalada, enquanto o uso do arquivo com a versão incluída lhe dá a garantia de ter sempre a versão escolhida).
Se você geralmente quer saber onde os arquivos desses pacotes estão localizados, você pode ir para a Visão geral do pacote Debian , procure por sua biblioteca e procure a lista de arquivos.