Você pode tentar corrigir as configurações individuais do aplicativo (no Ubuntu 12.04 em diante com Unity). No seu terminal, digite:
sudo gedit /usr/share/applications/sublime.desktop
Agora cole o seguinte e salve o arquivo:
[Desktop Entry]
Version=1.0
Name=Sublime Text 2
# Only KDE 4 seems to use GenericName, so we reuse the KDE strings.
# From Ubuntu's language-pack-kde-XX-base packages, version 9.04-20090413.
GenericName=Text Editor
Exec=sublime %f
Terminal=false
Icon=/opt/Sublime Text 2/Icon/48x48/sublime_text.png
Type=Application
Categories=TextEditor;IDE;Development
X-Ayatana-Desktop-Shortcuts=NewWindow
[NewWindow Shortcut Group]
Name=New Window
Exec=sublime -n
TargetEnvironment=Unity
Espero que agora o Sublime Text 2 funcione bem no menu de contexto do botão direito do mouse.