Veja a seguinte página:
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Em resumo, o que você quer fazer é possível. Como você clonou a instalação em outro disco (GPT), pode ignorar as coisas sobre a conversão do MBR para o GPT; tudo o que você precisa fazer é instalar o gerenciador de inicialização do Windows EFI, que está resumido na seção 3. (Parece que a página foi condensada desde a última vez que lemos, então você precisará seguir links externos e descobrir comandos para se usar com base nesses links.)