Você pode usar o X Forwarding para isso, ele encaminha a GUI do aplicativo para um servidor X local em execução na sua caixa do Windows. Para isso, você precisará de Putty, Xming e um SSHd devidamente configurado.
No servidor, você precisa verificar se X11Forwarding
foi definido como yes
in /etc/ssh/sshd.conf
.
Depois disso, você precisa executar o Xming para criar o servidor X local, usar o PuTTY para o SSH no servidor com o X11 Forwarding habilitado nas configurações e, depois disso, você pode executar o aplicativo desejado, por exemplo, sublime-text &
.
Para uma explicação mais detalhada, consulte este para o lado do servidor e this para o lado do cliente.