Alguém pode alterar arquivos no seu servidor sem ter nenhuma das suas senhas. Ataques de injeção como este são muito populares.
Certifique-se de que as suas instalações do Wordpress e do PHP estejam atualizadas. Também é possível que você tenha uma vulnerabilidade em um plug-in ou tema. Certifique-se de que eles também estejam atualizados e desative os plug-ins / temas que você não precisa.