Experimente Cameyo , é livre para uso doméstico / de pequenas empresas. É muito semelhante ao VMware ThinApp.
Para empacotar um aplicativo, você terá que instalar o Cameo e capturar a instalação com ele. Ele monitora os arquivos que foram adicionados ou alterados e os compacta em um arquivo .exe autônomo.
Eles também têm um pacote on-line , você só precisa enviar o arquivo de configuração.Para usá-lo, você Terá que se registrar no site (é grátis também!).