Eu enfrentei o mesmo problema com um USB externo da Western Digital com formato exFAT.
Minha solução foi criar um disco rígido virtual de 90 GB e montá-lo com o programa de gerenciamento integrado do computador. Este arquivo era muito grande, para que o Backup & Recuperação (win7BKR) não reclamaria de espaço inadequado.
O VHD deve ser formatado como NTFS. O Gerenciamento do Computador atribui ao VHD uma letra de unidade na qual o win7bkr pode ver e gravar. Use win7bkr da maneira sã como um disco rígido físico.
Após a conclusão do backup, você pode salvar o VHD no seu externo ou copiar os arquivos do VHD montado diretamente para o exFAT. Para recuperação, você pode montar o VHD e usar o WinPE (no disco de recuperação) ou outro disco do WinPE inicializável para instalar.
Eu usei uma unidade flash NTFS para o VHD gravável no primeiro teste e copiei para o exFAT, mas achei que construir o VHD no exFAT também funcionou. Se você armazenar o arquivo fora do VHD, deverá criar um novo VHD com o mesmo nome e parâmetros a partir dos quais o win7bkr poderá restaurar. Não os parâmetros!
Por fim, para esclarecimentos, o win7bkr cria um conjunto de VHDs, zips e arquivos xml. Esses arquivos serão gravados no arquivo VHD que estou descrevendo.