Se a sua única preocupação é o mouse, você pode usar o software para "recortar" o cursor e restringi-lo ao monitor principal. Um exemplo disso seria MouseJail . Outro exemplo seria Dual Monitor Tools . A tarefa também pode ser feita com o AutoHotKey .
Outra opção que você pode considerar é executar duas máquinas virtuais. Cada um captura um teclado e um mouse diferentes e é exibido em telas separadas.