Existem duas maneiras de lidar com "muito espaço" na tela.
Um é usar o gerenciador de janelas como, por exemplo, Winsplit Revolution . Este programa permite mover facilmente a janela para as posições predefinidas (lef, direita, superior, inferior, central) e também pode personalizar e adicionar as posições.
Se, no entanto, você quiser apenas salvar a posição para cada janela, poderá usar o WinSize2 que permite salvar a posição de cada janela como posição padrão. Quando você abri-lo na próxima vez, ele irá abri-lo lá.
Ambas as soluções devem funcionar tanto no Windows XP quanto no Windows 7. Não sei sobre programas similares para Linux, já que não estou usando.