Eu também tive o problema de o InDesign.exe não ser aceito como o aplicativo padrão para sua extensão de arquivo .indd. Eu também experimentei sintomas semelhantes.
A causa: eu tinha duas versões do InDesign instaladas, desinstalei a versão anterior e, em seguida, o link de associação de arquivo quebrou e não consegui corrigi-lo.
A cura: Depois de procurar por ajuda no link , a entrada no fórum 35 do usuário bkepl foi a sugestão correta (para mim , pelo menos):
Citação do fórum do Adobe "CS4 .indd file association problem", entrada 35. do bkepl, de maio de 2012:
Open the registry editor [...] and browse to: Computer\HKEY_CLASSES_ROOT\Applications\InDesign.exe\shell\open\command
[check the ...] full path to your installation of InDesign. In my case: "C:\Program Files\Adobe\Adobe InDesign CS5.5\InDesign.exe" "%1"