A resposta é: no , eles não são usados pelo Gnome Shell.
O motivo é simples: essas configurações são para o gnome-panel e o gnome-panel não faz parte do Gnome Shell, ele é parte do chamado Gnome Fallback (ou Gnome Classic).
Se você quiser que uma prova tenha 100% de certeza, baixe o código-fonte tanto do gnome-panel quanto do gnome-shell:
apt-get source gnome-panel gnome-shell
e, em seguida, procure por uma propriedade:
grep -r unhide-delay
Você verá que todos os resultados vêm do pacote gnome-panel.