Você pode usar o ImageMagick para fazer isso.
Use a cultura operador para cortar / separar as imagens e, em seguida, combine-os em um GIF animado com diferentes opções específicas de quadros (atraso, etc.), conforme necessário.
Se não houver opções específicas de quadros, talvez você consiga combinar as duas etapas (ou seja, corte de quadro e criação de GIF animado).