A razão mais provável é que top mostre os valores percentuais como uma porcentagem de uma única CPU enquanto ps mostra a porcentagem de energia disponível total da CPU. Tente rodar e pressionar Shift I enquanto ele estiver rodando para mostrar a porcentagem de todos os núcleos.
Se este for um cluster de servidores com muitas CPUs, o que você descreve é um comportamento normal. Veja também aqui .