Os arquivos parecem estar lá , mas esse não é o problema - como a mensagem de erro diz, eles são "muito curtos", ou em outras palavras, provavelmente vazios. (Isso acontece com frequência quando a energia é perdida durante uma atualização. Os metadados do arquivo foram gravados primeiro ao criar o novo arquivo, depois ao fechar o arquivo finalizado, mas apenas a primeira gravação foi liberada para o disco - o segundo se perdeu devido à energia perda.)
A maneira normal de corrigir isso é reinstalar todos os pacotes afetados. Como você só tem um novo sistema Arch, pode ser mais fácil simplesmente limpar e reinstalar. (Não incomode o reparticionamento, porém, um find /mnt -delete
+ pacstrap /mnt base
será suficiente.)