Então, depois de fazer algumas pesquisas pesadas, eu decidi que isso tem algo a ver com a maneira como o xpra gerencia suas janelas ativas.
Pipar xwd para o xwud requer que eu especifique o ID da janela filho para xwd, caso contrário, ele exibe apenas um quadro de janela em branco. Visualmente, isso é muito diferente da moldura branca em branco que recebo do ffmpeg, mas acho que é indicativo da mesma coisa.
Se eu tivesse que adivinhar, tem algo a ver com os aviões, como evidenciado por
444 req->planeMask = (unsigned int)AllPlanes;
445 req->format = ZPixmap;
^ o código ffmpeg para x11grab, do link
Eu decidi descartar o xpra e usar o xvfb standalone. Isso me permite usar o ffmpeg