Seus metadados foram alterados. Quando você compara os metadados usando este visualizador de metadados on-line , dos arquivos de collet, você descobre que o arquivo maior tem mais metadados (aprox 4.2 k) que representa a maior parte da diferença de tamanho de arquivo. O arquivo maior adicionou padding, e o tamanho da miniatura é diferente, além de simplesmente haver mais dados exif disponíveis para visualização. O ponto é que algo modificou seus dados exif, provavelmente um programa legítimo faz coisas que alguém disse, como salvar, ou alguém não sabia que eles estavam dizendo (rodar no microsoft visualizador de imagens salva mesmo que você simplesmente quisesse rodar Tenho certeza de que outros programas têm armadilhas semelhantes)
Ainda há mais 2K +/- de metadados não contabilizados, mas eu apostaria que com alguma pesquisa você poderia descobrir o que é. Identificar qual programa fez o que seria difícil em retrospectiva, mas em resposta à sua pergunta, eu diria que é seguro substituir os arquivos maiores pelos menores, a menos que você ache que precisará dos metadados extras no futuro. Embora com a simples adição de preenchimento encontrado, eu apostaria que o espaço extra poderia voltar se o que aconteceu antes acontecesse novamente.
Existem metadados com tantos arquivos multimídia que eu presumo que seja esse o caso com todos os tipos de arquivos que você listou.