Por predefinição, NOTIFICATION_TIMEOUT está definido para 4 segundos em gnome-shell ui ficheiros, nomeadamente
/usr/share/gnome-shell/js/ui/messageTray.js
então, alterar o tempo limite é apenas uma questão de editar esse arquivo, especificamente esta linha:
const NOTIFICATION_TIMEOUT = 4;
e substituindo o valor padrão ( 4 ) pelo que mais lhe convier.
Reinicie o shell com Alt + F2 , r para que as alterações entrem em vigor.