MAME tem um arquivo de configuração que você precisa editar ( mame.cfg ?) e dizer onde você está colocando coisas, como roms , se você não colocar nos diretórios padrão (o que eu não tenho idéia o que seria no Linux).
Verifique o /mnt/media do seu stick USB se o problema é que você não consegue encontrar em qual diretório ele foi montado.