Se o aplicativo em si estiver mudo, é muito provável que não gere o som em primeiro lugar, mas definido como 0%, pode gerar silêncio, enviando dados por meio do subsistema de áudio.
Por outro lado, se o sistema estiver silenciado, mas o aplicativo não estiver, os dados de som ainda serão enviados do aplicativo para o subsistema de áudio, mas serão descartados. Definir o volume do sistema como 0% provavelmente tem um resultado semelhante.
Em todos os casos em que os dados fluem do aplicativo para o sistema, haverá uma sobrecarga de desempenho marginal, no entanto, ela será tão pequena que nada além do próprio agendador de CPU perceberá.