Eu encontrei este artigo que poderia ajudá-lo, ele mostra como criar outra pasta para o seu backup em uma unidade externa, se você estiver usando um Mac: link
É possível no iTunes 11 definir o destino do Mobile / Backup? Não há um pref para ele em app ... Eu tenho a minha biblioteca Itunes em um disco FW que viaja comigo, eu gostaria de ter o meu backup do iPhone na mesma unidade.
Também recebo a mensagem de erro do iTunes "Não há espaço suficiente ..." quando o espaço livre do meu laptop MBP é ~ 35GB e tento fazer o backup do meu telefone 4S 32GB. Minha pasta de backup é de apenas 6GB (um backup) e meu telefone indica ~ 16GB de espaço usado ... ???
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