Bem, eu não estou totalmente claro o que você está tentando fazer, mas eu vou te dizer o que estamos fazendo e você pode ver se combina com o que você está interessado. Nós temos um par de diferentes modos, mas a configuração é praticamente a mesma.
Basicamente, usamos o openSUSE 12.1 (por enquanto, provavelmente mudaremos para o 12.3, em breve) com o hipervisor Xen. Os pacotes Xen estão incluídos no openSuSE e em várias outras distribuições do Linux, e as ferramentas estão prontamente disponíveis para gerenciá-lo. Instalamos os pacotes Xen e inicializamos o sistema no hypervisor Xen com o kernel do Linux. Em seguida, concluímos a configuração de um ambiente de área de trabalho no dom0 para alguns usuários, para que eles efetuem login e usem o sistema baseado em Linux. O dom0 baseado em Linux também é adicionado ao nosso cluster do Oracle (Sun) Grid Engine e ao nosso cluster de armazenamento Ceph. Isso nos permite agregar a potência da CPU e o espaço em disco dos sistemas locais e distribuir a carga entre eles.
De lá, instalamos algumas VMs dependendo do usuário. Para alguns usuários, instalamos uma VM do Windows 7 e, na verdade, passamos por gráficos, USB e som para a VM do Windows. Isso faz com que o sistema Linux se pareça com um sistema Windows e nos permite controlar a quantidade de recursos usados no sistema Windows e manter o restante para o sistema Linux. Para outros usuários, apenas configuramos uma VM do Windows e configuramos conexões rdesktop para essa VM do Windows. O hipervisor pode suportar muitas VMs - tantos quanto os recursos no computador permitirão - nossa implantação é bastante limitada no momento. Temos aproximadamente 80 hosts que usamos dessa maneira.
A única coisa que está faltando na nossa configuração, e que gostaríamos de descobrir como fazer, em breve, é algum tipo de console de gerenciamento centralizado. Existem várias possibilidades - XAPI (XCP), OpenStack, Convirture, CloudStack, DevStack, etc. O openSuSE tem algumas das partes básicas embutidas - por exemplo, libvirt - e há alguns repositórios de complementos com os pacotes que você precisa adicionar o resto, mas você tem que juntar o resto, e isso está sendo um desafio.
De qualquer forma, não tenho certeza se é isso que você está procurando ou não, mas soou parecido com o que estamos fazendo e o que estamos tentando fazer.