Isso pressupõe que você esteja usando o openbox como gerenciador de arquivos padrão. Eu principalmente conheço uma aplicação GUI do gerenciador de configuração openbox.
Execute obconf
, clique na guia do mouse e marque as janelas de foco da caixa de seleção quando o ponteiro do mouse se mover sobre elas. Em seguida, clique no botão fechar para que isso seja aplicado.
Eu não sei de uma linha de comando.