Esse !seq!
extra no começo é o que parece estar causando a duplicação da lista, então cortá-lo deve resolver o problema. Use a seguinte sequência de comandos:
set seq=
for %f in (*.png) do @set seq=!seq! %f
set seq=%seq:~6%
echo %seq%
Alguns links úteis: String Editar / Substituir , Substring Extraction