O WinSCP não tem opção para remover / redefinir a senha mestra.
Você precisa fazer isso manualmente no Registro, definindo:
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Martin Prikryl\WinSCP 2\Configuration\Security]
"UseMasterPassword"=dword:00000000
Claro, você perde todas as suas senhas criptografadas.
Você pode então ir novamente às preferências e definir uma nova senha mestra. Ao fazer isso, o WinSCP solicitará uma senha mestra anterior uma vez para cada senha perdida. Apenas cancele esses prompts com a tecla Esc .
Consulte a documentação para lidar com senha mestra esquecida .