(preferiria deixar isso como um comentário - mas parece que não tenho o representante - removerei essa resposta quando uma resposta real for dada)
Parece que uma das duas coisas provavelmente está acontecendo
- após o seu .emacs ser avaliado
cperl-mode-hooktem sua funçãoperl-boilerplatelistada nele duas vezes. (como mencionado acima em um comentário) - a nova versão do cperl está executando o
cperl-mode-hookduas vezes.
Para depurar o primeiro caso, use CTRL-H v para ver o valor de cperl-mode-hook quando você abriu um novo arquivo e ele dobrou o clichê.
Para depurar o segundo caso, você pode adicionar outra função ao hook, que usa message para imprimir algo (como 'HELLO de cperl-mode-hook') e, em seguida, verificar o *Messsages* buffer para ver quantas vezes você veja depois de visitar um novo arquivo.
Dado que o problema parece desaparecer quando você faz o downgrade para a versão antiga do cperl, parece provável que seja o segundo problema.
Você pode consertar o segundo problema criando uma variável local do buffer e verificando se ela está configurada antes de inserir o boilerplate - evitando que seja inserido duas vezes.
Espero que essas ideias sejam úteis.