As partições são armazenadas no Master Boot Record da unidade. A estrutura da partição de uma unidade é completamente independente do sistema operacional. Qualquer computador que leia a unidade verá as mesmas partições.
Então, para responder à sua pergunta, as partições de cada unidade (a tabela de partições ) são armazenadas na própria unidade. Se você mover sua unidade para outro computador, nenhum dado será perdido e a tabela de partições não será afetada.
A única vez em que você pode perder dados, não irá pensar em você, apenas pode , é quando você instala um novo sistema operacional. Se você fizer algo bobo, como formatar uma partição que tenha dados que você deseja. Se você for cuidadoso, não deverá ter problemas.