Isso deve funcionar:
for /r C:\ %f in (*.jpg) do @copy "%f" D:\pictures\
Explicação:
O comando copy "%f" D:\pictures copia o arquivo %f para o local D:\pictures , que é o arquivo pictures no diretório D:\ .
Adicionando um \ à direita para garantir que copy trate pictures como um diretório.
Se você copiar vários arquivos para um único local (por exemplo, copy *.* D:\backup ), copy tratará automaticamente backup como um diretório. Mas este não é o caso quando você copia um único arquivo.