O gerenciamento de partições deve funcionar, mas, como você suspeitava, qualquer arquivo "super-bloqueado" (ou seja, bloqueado de forma a impedir a abertura / leitura) seria de fato problemático. Na verdade, geralmente é recomendado não simplesmente copiar arquivos do SO em geral, devido a todos os arquivos protegidos, hard-links e permissões.
Provavelmente, a solução mais fácil seria simplesmente usar um programa de partição de CD ao vivo, como GParted ou CloneZilla (ambos gratuitos).
Você pode baixar o ISO e gravá-lo em um CD (pode ser um CD regravável) ou em uma unidade flash. Então você inicializa o sistema operacional dedicado do CD / flash-drive e executa o programa de particionamento. Como nenhum dos arquivos está em uso, o aplicativo de partição pode fazer praticamente qualquer coisa que você precisar.