Se você instalar outro kernel, os módulos do kernel que você tinha em um kernel anterior NÃO continuarão funcionando. Quaisquer módulos do kernel que funcionem no novo kernel serão aqueles que são enviados diretamente com o kernel, ou aqueles que são compilados automaticamente na inicialização usando o sistema DKMS (veja link ).
Com isso dito, você não precisa se preocupar com a atualização do seu kernel, desde que mantenha a versão anterior do seu kernel, e saiba como inicializar a partir dele no menu do grub. Se o novo kernel não funcionar, apenas reinicie o kernel antigo e funcional.