O problema é que fsutil realmente não informa tudo, como alguns "ajudantes" e artigos da base de conhecimento informam. Eu só tive esse caso: Combinando um WD-RED 3TB com um Seagate Barracuda XT 3TB.
fsutil fsinfo ntfsinfo <drive_letter> mostrou os 512 bytes idênticos por setor. O Sysinternals ntfsinfo faz o mesmo.
Mas então eu usei smartctl.exe -a /dev/sda de smartmontools (obtê-lo daqui: link ).
E esse finalmente mostrou a verdadeira razão, que o Windows não mostra ...
Para o WD-RED WD30EFRX-68AX9N0, smartctl -a /dev/sda diz:
Sector Sizes: 512 bytes logical, 4096 bytes physical
Para o Seagate ST33000651AS, smartctl -a /dev/sdb diz:
Sector Sizes: 512 bytes logical, 512 bytes physical
Então, para todo mundo que tem esse problema e não sabe porque o Windows se recusa a espelhar, mesmo que fsutil confirme o mesmo "tamanho de setor", use smartctl para ver o material real.