O eCryptfs não protege seus dados do root. O eCryptfs é suficiente apenas para proteger seus dados em repouso na mídia física.
Depois que você fizer login no sistema como usuário, seus dados descriptografados serão protegidos apenas por Controles de acesso discricionário (DAC). Isso geralmente é suficiente para protegê-lo contra outros usuários não-root no sistema, mas não para o root.
Além disso, você está absolutamente certo de que nunca entrou com a senha do seu usuário não-root neste sistema após a inicialização? Porque a situação que você descreve é impossível - o root nunca seria capaz de ver seus dados descriptografados se você ainda não efetuou login. É assim que o eCryptfs protege você contra ataques LiveCD.