Curto: O Ubuntu 11.10 traz um QT corrigido que fará um QSystemTrayIcon criar um indicador, se possível. Nas versões mais antigas do Ubuntu, você precisará de uma versão corrigida do Qt, e isso fará com que o seu programa seja uma tarefa difícil de distribuir.
Longo: Existe um patch fornecido pela Canonical para usar indicadores no Qt, mas ainda não está integrado na versão oficial do Qt e não é provável que aconteça antes do Qt 5. Fontes: O autor blog , um postar no fórum do Qt de um desenvolvedor da Nokia / Trolltech.
O Ubuntu 11.10 vem com este patch habilitado, então um código como este criará um indicador se usado em 11.10
import sys
from PyQt4 import QtGui
app = QtGui.QApplication([])
icon = QtGui.QSystemTrayIcon(QtGui.QIcon("test.png"), app)
menu = QtGui.QMenu()
menu.addAction("Quit", QtGui.qApp.quit)
icon.setContextMenu(menu)
icon.show()
app.exec_()
Você precisará de um ícone adequado em test.png.
Note que os aplicativos do KDE (não QT simples) já suportam o indicador usando o kdelibs.
Existe também o projeto libindicate-qt , mas não consigo encontrar licitações de python nem nenhuma documentação.