Use algo como dd
ou dd_rescue
da linha de comando do Linux para clonar a partição (ou a unidade) para bit. Ele não vai estragar qualquer estrutura acima, uma vez que está essencialmente fazendo uma imagem espelhada da unidade. O único outro conselho que posso dar é ter cuidado ao clonar o disco para que você não destrua nenhum dos seus dados.
Quando o disco for clonado, use algo como gparted para expandir a unidade e usar a quantidade máxima de espaço.