Vá para Configurações > Configurador de estilo, selecione Perl no painel de idiomas e POD (Plain Old Documentation) no painel de estilos e altere a cor lá. Eu apenas tentei isso e funciona para mim.
Existe uma maneira de definir o notepad ++ para destacar um bloco de comentários de várias linhas Perl como comentários (atualmente não há realce - é preto sobre branco).
O tipo de comentário sobre o qual estou falando é do seguinte formato:
=comment
This is a comment
=cut
Se houver uma sintaxe de comentário de várias linhas Perl mais adequada, lmk =)