O lm-sensors é uma biblioteca que deve permitir que você obtenha a temperatura da sua cpu. Conky usa-o para fazer pequenos gráficos agradáveis. Uma vez que você tenha o valor, deve ser fácil colocar um script no crontab para chamar o comando shutdown, que seria mais limpo do que o seu bios. Não tenho certeza sobre como estrangular um cpu, pode ser possível, não tenho certeza que você pode querer google aquele.
Como uma nota lateral, eu tive o mesmo problema em um laptop Dell e acabou por ser o fã clutered com poeira, então você pode querer abrir o seu laptop para uma mola limpa:)