Eu tinha um problema semelhante (causado por um diferente bug), mas as causas subjacentes podem ser semelhantes o suficiente para que isso funcione:
O gedit salva metadados sobre todos os arquivos conhecidos usando o GnomeVFS . Se esse metadado contiver algo que o gedit não "gosta", ele trava.
Como solução alternativa, crie uma cópia do arquivo a partir da linha de comando ( não no Nautilus). cp não preserva os metadados, então isso permite que você abra o arquivo se o metadado for o problema.
Caso esteja, você pode inspecionar os metadados do arquivo executando o seguinte comando:
gvfs-info -a metadata FILENAME
Depois, um por um, tente apagar as entradas usando a seguinte sintaxe:
gvfs-set-attribute FILENAME metadata::ATTRIBUTE ''