Você precisa alterar o aplicativo que abre arquivos de tipos de arquivos .zip com o comando xdg-open, que é o modo usado pelo Chrome / Chromium para abrir arquivos.
Para fazer isso, siga estas etapas:
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Encontre o nome do programa que você deseja usar. No seu caso é file-roller, e no meu caso foi engrampa, porque estou usando o Linux Mint com o MATE.
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Abra um terminal e escreva:
xdg-mime default nome do programa.desktop application / zip
Altere "nome do programa" com rolo de arquivo, engrampa ou qualquer outro programa que você queira usar.
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Se você quiser, teste-o escrevendo:
aplicativo padrão de consulta xdg-mime / zip
E deveria dizer file-roller.desktop e agora escrever:
xdg-open /path/to/a/zip/file.zip
E isso deve ser aberto no seu programa.
Agora o Chrome / Chromium deve abri-los corretamente.