Como você atualizou para um SSD? (ou seja, você instalou o Windows 7 corretamente no SSD e copiou seus arquivos de dados, incluindo os projetos do Visual Studio e do Eclipse, ou clonou o disco rígido antigo no SSD?) Se o primeiro, você efetua login na sua máquina como um usuário de domínio ou como um usuário de conta local?
Eu já fiz esse caminho duas vezes antes. Um par de anos atrás eu atualizei para um SSD no meu laptop, e eu fiz uma instalação limpa e copiei meus arquivos de dados. Eu corri para o mesmo problema que você descreve com projetos Eclipse e a incapacidade de modificar / excluir arquivos. Isso porque criei uma nova conta de usuário local quando atualizei. Era o mesmo nome da minha conta antiga, mas era uma conta totalmente nova com um novo SID e a nova conta não tinha os mesmos privilégios que a antiga. Não consegui resolver o problema apropriando-me das configurações de segurança avançadas e alterando as permissões, e acabei recorrendo à criação de novos espaços de trabalho (verificando a origem do controle de origem).
Agora em um novo trabalho eu atualizei novamente para um SSD (eu tenho o mesmo SSD Crucial M4 de 256GB que você), só que desta vez eu estava entrando na máquina como um usuário de domínio, então todos os meus arquivos eram de propriedade daquele do utilizador. Quando atualizei (novamente fazendo uma instalação limpa) e copiei meus arquivos de dados (incluindo projetos eclipse e visual studio), tudo continuou funcionando bem, porque todos eles pertenciam à minha conta de usuário de domínio, que não foi alterada.
Infelizmente, não há uma maneira fácil de clonar sua conta de usuário local da sua máquina antiga para a nova. Se for muito difícil verificar o código do controle de origem novamente, há um mecanismo de cópia descrito aqui (na parte 4 da única resposta à pergunta) que permite redefinir as permissões em uma nova cópia e, em seguida, excluir o um velho.
Boa sorte e aproveite a velocidade desse SSD!