Eu rotineiramente usei discos externos e pendrives USB para distribuições Linux, com apenas USB 2, sem problemas, embora meus aplicativos não sejam intensivos em E / S de disco. O USB 1 não era muito utilizável, embora eu tenha usado uma versão antiga do Red Hat com uma porta ZIP de porta paralela (se é que alguém ainda se lembra disso: -)
O USB 3 não deve ter problemas, pois o limite de velocidade excede o da maioria das transferências de disco, eu acho.