Você terá que fazer upload do tarball correto com um nome ligeiramente diferente. É convencional acrescentar algo como +ds nesse tipo de caso: então foo_1.0.0.orig.tar.xz → foo_1.0.0+ds1.orig.tar.xz (e bata sua versão do changelog de 1.0.0-1 para 1.0.0+ds1-1 , etc.). Se você fizer isso com este esquema, então você deve ser capaz de descartar o sufixo +ds na próxima versão upstream.