Corrigido por reinstalar o EasyBCD e, em seguida, refazer a entrada do Linux. Parece ter substituído o bootloader do Windows 8 pelo antigo Windows 7 e funciona.
Eu já tive uma instalação do Windows 7 em um drive, e uma instalação do Fedora no outro disco rígido. Eu tenho uma partição na segunda unidade para o GRUB e a partição normal do bootloader do Windows na primeira unidade. Eu anteriormente tinha configurado com EasyBCD para ser capaz de carregar o bootloader no segundo disco rígido, no entanto agora com o Windows 8 instalado além do Windows 7 e Linux, ele mostra apenas as opções de menu para Windows (Ele só mostra o Windows 7 / 8 no menu de inicialização).
Ainda é possível inicializar o Linux a partir do gerenciador de inicialização do Windows?