Eu responderei sem conhecer o cenário completo.
Eu costumava usar o NDD2.exe (Norton Disk Doctor 2) para recuperar dados do disco danificado no Windows 95/98. Funcionou muito bem. Seria basicamente corrigir disquetes corrompidos e recuperar dados e torná-lo utilizável. Do jeito que funciona, ele escaneia a partição de inicialização, conserta todas as entradas, mapeia o setor defeituoso e depois acessa os dados que são bons.
Agora, estou supondo que você usaria o NTFS em grande escala. O NDD2 infelizmente não pôde usar unidades NTFS e o tamanho do disco rígido era limitado. Eu acredito que você precisa de algo assim. Não perca tempo copiando arquivos únicos como esse. Pode demorar horas e depois de horas de espera, você vai encontrar os arquivos copiados não funcionou.
Eu gostaria de recomendar para dar uma olhada nisso