Para serviços e unidades no Windows, você pode especificar dependências para outros serviços, o que atrasará a inicialização do seu serviço.
Como atrasar o carregamento de serviços específicos
Além disso, desde o Vista, há o novo tipo de inicialização "Automatic (delayed)", que atrasa a inicialização do serviço até que a maioria dos outros serviços tenha sido iniciada.