A diferença é que os desktops têm muito mais fluxo de ar. Uma coisa que eu vi para ser verdade é que fumar em torno de seu laptop ou desktop, eventualmente, bolo interno. Os dissipadores de calor também não podem transferir calor e são mais propensos a superaquecer. Já executei alguns aplicativos com uso intenso de processador em meus laptops antes que levasse de 3 a 4 horas de tempo de renderização em uso total da CPU. Eu nunca tive problemas.
Eu tinha um MacBook Pro (primeira geração) que apresentava problemas de calor horríveis. Eu acabei desmontando e percebi que eles usaram 10x muita pasta térmica. Depois de reaplicar a pasta térmica a uma quantidade apropriada, pude notar uma diferença de 15 graus C.
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Venha para pensar também. Eu tinha alguns laptops (Centrino2) que eram horríveis com o calor. Eu tive que colocar os heatpads para ligar o laptop para manter a temperatura normal.
Todos os laptops Sandy Bridge Core i3 / i5 / i7 que possuíam no passado e atualmente não tiveram problemas com o calor.