Acabei descobrindo que preciso usar export
para definir minhas variáveis de ambiente. Então, no meu .zshrc
eu adicionei:
PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib64/pkgconfig:/usr/lib64/pkgconfig:/usr/local/lib/pkgconfig; export PKG_CONFIG_PATH
Agora, ./configure
encontra a biblioteca correta.