O USB 2.0 está limitado a 480Mbs por controlador . Então, o importante é quantos dispositivos por controlador, em vez de por porta usb. Reduzir a quantidade de portas no hub não ajudará, pois todo o tráfego ainda está passando pelo único controlador em que a porta USB à qual está conectado está ativada.
Pode ser que, com a sua placa-mãe, cada porta física tenha seu próprio controlador, e é por isso que as portas dedicadas estão funcionando em velocidade total.
Seria melhor você adquirir um cartão usb PCI 2.0 (ou dois) e usá-lo.