Tente
cmd /c echo %time%
isso deve funcionar.
Algumas informações básicas: echo é um comando interno do shell de comando do Windows cmd , não um executável, portanto, não é possível executá-lo diretamente pelo Notepad ++. Mas cmd tem uma opção de linha de comando / c onde você pode passar os build-ins como parâmetro, para permitir que o shell de comando os execute para você. O sinal @ só é entendido no shell de comando também.