Você não pode fazer nada que empurre uma variável ambiental para shells já em execução.
Assim, as opções são iniciar novos shells ou fazer algo em cada shell que já esteja em execução para obter a nova variável ambiental.
A maneira mais fácil seria exportar a nova variável em cada shell:
export HOSTNAME=mynewhostname
Substituindo "mynewhostname" por seu novo nome de host.