Sim, use a opção itsoffset para compensar um fluxo específico.
Veja minha resposta aqui para exemplos de uso específicos: Corrigir um vídeo m4v com áudio atrasado (áudio e vídeo fora de sincronia)
Você deseja fornecer dois arquivos de entrada, compensar um com -itsoffset especificando um valor de atraso (positivo), usar a sobreposição -filter_complex e usar as opções -map para selecionar os fluxos adequados para colocá-lo novamente juntos.
Note que você não pode usar -c copy para copiar fluxos de vídeo - você terá que dizer ao FFmpeg para re-codificar.