Para responder a minha própria pergunta, parece que há duas possibilidades, uma fácil, uma horrível, mas mais capaz.
Como resolvi meu problema com meus arquivos ePub, usei apenas o kindlegen da Amazon. Cria um .mobi do arquivo .epub, preservando todos os metadados.
A opção horrível é mobi2mobi. É um script perl que tem um grande número de dependências irritantes, mas parece ser a resposta para minha pergunta, e é sua única opção se o calibre arruinou os metadados em seus arquivos.